Jaziel Torres: Nuestros estudiantes en internados de verano 2017

Soy Jaziel Torres, estudiante subgraduado del Departamento de Matemáticas (UPR-RP), y este próximo semestre comenzaré mi tercer año. Gracias al programa IDI-BD2K me encuentro participando del programa iBRIC (Internship in Biomedical Research, Informatics, and Computer Science) en la Universidad de Pittsburgh. Estoy trabajando con el Dr. Panos K. Chrysanthis y el estudiante graduado Xiaoyu Ge, del departamento de Ciencias de Cómputos de la Universidad de Pittsburgh, en una plataforma experimental que le recomienda al usuario, basado en su localización y sus preferencias, un conjunto de lugares o establecimientos diversos y relevantes para el usuario, los cuales puede visitar. Específicamente mi investigación se enfoca en desarrollar un algoritmo que recomiende una ruta que se pueda completar en menos de una cantidad determinada de tiempo, pasando por una cantidad determinada de lugares o establecimientos y que esa ruta maximice la relevancia de los lugares o establecimientos a visitar, y manteniendo la diversidad de la ruta, tal que dos establecimientos del mismo tipo no sean visitados consecutivamente.
Palabras claves de mi investigación: Informática urbana (Urban Informatics), Problema de satisfacción de condiciones (Constraint Satisfaction Problem), Sistemas de recomendación (Recommender Systems)

Student Publication

Ivan Jimenez-Ruiz, IDI-BD2k student, went to our partner institution, the Center for Causal Discovery in Pittsburgh last summer for an internship.

This summer he will present work done at his Summer 2016 internship at the Practice & Experience in Advanced Research Computing Conference Series (PEARC’17) conference July 9-13, 2017 in New Orleans, Louisiana, USA.

After that, he will be starting PhD studies in North Carolina. We wish you the best Ivan!

  1. I. Jimenez-Ruiz, R. Gonzalez-Mendez, A. Ropelewski. 2017. In Proceedings of ACM PEARC conference, New Orleans, USA, July 2017 (PEARC’17), 4 pages. http://dx.doi.org/10.1145/3093338.3093372

Local copy:

ILJR_PEARC_Final_Draft

¡Nuestros estudiantes en internados de verano 2016!

Hi! My name is Iván Jiménez and I am a senior Computer Science undergrad at the University of Puerto Rico, Rio Piedras Campus (UPRRP). Through the UPRRP’s Increasing Diversity in Interdisciplinary Big Data to Knowledge (IDI-BD2K) program, I was able to participate in the Internship in Biomedical Research, Informatics and Computer Science (iBRIC) during this summer. I worked with Alexander Ropelewski at the Pittsburgh Supercomputing Center (PSC) in Pittsburgh, Pennsylvania. We worked in collaboration with the Department of Biomedical Informatics (DBMI) of the University of Pittsburgh on our project titled “Optimizing High Performance Big Data Cancer Workflows”. The project consisted of running cancer workflows on different file systems of PSC’s new supercomputer: Bridges. We optimized these workflows in terms of execution timings and memory usage and then produced recommendations for future use of programs on each file system.

I also had the chance to develop a project poster and present it at the annual Duquesne Summer Undergraduate Research Symposium at Duquesne University. Our work has been recently accepted for publishing as a student paper for the Practice and Experience in Advanced Research Computing (PEARC-2017) conference.

Apart from work, one of the best highlights of my summer was touring the PSC, UPitt and Carnegie Mellon campuses and buildings with my fellow interns. The list of awesome activities we did as a group is too long to mention in this summary so I’ll just include the schedule we tried to follow throughout the internship.

Thanks to the IDI-BD2K program, I will never forget fun I had while meeting new people, eating lots of pizza and learning about Bioinformatics and High Performance Computing.

¡Nuestros estudiantes en internados de verano 2016!

Mi nombre es Tatiana P. Ortiz Serrano y actualmente curso mi cuarto año de estudios subgraduados en la Facultad de Ciencias Naturales de la UPR-RP. El verano pasado tuve la oportunidad de completar un internado en la Universidad de Pittsburgh. Puede parecer inusual, pero la realidad es que fui parte de dos programas simultáneamente: Internship in Biomedical Research, Informatics, and Computer Science (iBRIC​) y Training and Experimentation in Computational Biology (TECBio​). Durante 10 semanas trabajé con el Dr. Miller T. Lee en su investigación sobre la embriogénesis en los peces cebra.

Esta representó mi primera experiencia de investigación, por lo que no faltaron las dificultades y tropiezos en el proceso. No obstante, la misma fue sumamente enriquecedora tanto en el ámbito académico como profesional. Puedo decir que amplié mis conocimientos en la disciplina que estudio, que es la Biología, y en el área de la Bioinformática. Incluso, tuve la oportunidad de presentar mi afiche en un simposio en la Universidad de Duquesne. Además, comprobé, de primera mano, la importancia del manejo de los grandes conjuntos de datos que produce la investigación científica diariamente y el rol tan importante que juega la colaboración interdisciplinaria en ello. Por otro lado, establecí lazos interpersonales, que todavía se mantienen, con compatriotas y estudiantes de otras universidades. Conocí buenos mentores quienes me ofrecieron su apoyo y consejería, y con los cuales sé que puedo contar.

Tatiana presenting a poster.
Tatiana Serrano presenting her work in the iBRIC summer internship.

Quiero instar a otros estudiantes de ciencias a participar de experiencias de internados como estos porque considero que son oportunidades excelentes para adquirir y aplicar herramientas necesarias para llevar a cabo proyectos de investigación exitosos. Como científicos debemos saber que una parte esencial del proceso de investigación es la interpretación de los resultados que se obtienen. Internados como iBRIC y TECBio brindan la plataforma para aprender más sobre cómo hacerlo y poder aplicarlo a futuros proyectos.

Internship opportunities at Pittsburgh

Dr. David Boone, from the University of Pittsburgh School of Medicine  Department of Biomedical Informatics will be in the UPR this Friday, January 27, 2017 to speak with IDI-BD2K students on summer research opportunities at the University of Pittsburgh like iBRIC: Internship in Biomedical Research, Informatics, and Computer Science.

The presentation will be Friday, January 27, 2017 at 11:00 AM in NCL-C356.

Biomedical Engineering Summer Internship (BESIP)

The NIBIB sponsored Biomedical Engineering Summer Internship (BESIP) is for undergraduate biomedical engineering students who have completed their junior year of college. The 10-week program, under the guidance of Dr. Robert Lutz, BESIP Program Director, is scheduled from June 5, 2017 to August 11, 2017. The internship will allow rising senior bioengineering students to participate in cutting-edge biomedical research projects under the mentorship of world-class scientists in NIH laboratories in Bethesda, MD.

More information:

https://www.nibib.nih.gov/training-careers/undergraduate-graduate/biomedical-engineering-summer-internship-program-besip

Programas de internados

El miércoles (5 de octubre) varios profesores de la Univ. de Illinois en Chicago vienen a reclutar subgraduados para sus programas de verano y programas graduados.  Quieren hablar con estudiantes de Biologia, Quimica, Ciencias de Computos, Fisica, Matematica y Ambientales. Si estan interesados o conocen a alguien que este interesado por favor diganselo.

SALON- NCN-356
HORA- 3:00pm.

¡Nuestros estudiantes en internados de verano 2016!

Mi nombre es Jean Karlo Rodriguez y soy estudiante de Ciencias de Cómputos en la UPRRP. Este verano estuve trabajando en la Universidad de California, Santa Cruz gracias al programa IDI-BD2K. Trabajé en el Genomics Institute, en el Laboratorio de Benedict Paten bajo la supervisión de Brian O’Connor. Participe en un proyecto que consistía en crear un “web service” en donde instituciones e investigadores podían almacenar y accesar su data para luego realizar análisis sobre ellos. La data con la cual estuve trabajando fue información de donantes y los análisis realizados a las muestras tomadas. Mi contribución en el proyecto consistió en crear un programa en Python que unía múltiples archivos de formato JSON, las cuales contenían la información de los donantes, ponerlos en un archivo nuevo y asignarle un índice a cada donante.

Además de trabajar en el proyecto, asistí a varios talleres sobre la preparación para solicitar a escuela graduada. Conocí a muchas personas amables que nunca olvidare y aprendí mucho sobre Genómica, Big Data y como crear software en esta área de investigación. Le recomiendo a todos y todas que no solo soliciten a este internado, sino a cualquier internado que esté interesado. No le tenga miedo ya que va a ser una experiencia muy positiva, vas a aprender más allá de lo que puedes aprender en un salón de clase y es una experiencia inolvidable.

Jean Rodriguez at UC Santa Cruz.
Jean Rodriguez at UC Santa Cruz.

¡Nuestros estudiantes en internados de verano 2016!

My name is Ilian Torres. I am currently an undergraduate student in the Department of Mathematics at the University of Puerto Rico, Río Piedras. This summer I had the honor of working at the Genomics Institute at the University of California Santa Cruz, thanks to the IDI-BD2K (Increasing Diversity in Interdisciplinary Big Data to Knowledge) program of the University of Puerto Rico Río Piedras funded by the NIH (National Institutes of Health.)

My summer consisted of workshops, recreational activities and working in the laboratory ( https://bd2ksummer.ucsc.edu ). We did numerous workshops such as Ethics workshops, Data Carpentry workshops, a Genomic Browser workshop, and workshops for applying to great opportunities like research symposiums and graduate school fellowships such as SACNAS and the NSF Graduate Research Fellowship. For recreational activities, we did many things from sporty-like soccer games and hiking to bonfires on the beach and small gatherings. I had the honor of working with three incredible mentors: Melissa Cline, Jeltja van Baron, and Holly Beale. My research consisted of quality control, analysis and raw genome sequencing to locate samples of questionable quality within a batch. The importance of this research is that in the near future we want to have databases of cancer-related genomes from various patients and their treatments and medication to do cross-examination with other patients. An example of this being that if patient A has a lung cancer with a genome sequence that is similar to patient B then the treatment that was used to cure patient A can be applied to patient B. The problem with this approach is that if the database has bad sequence data, erroneous solutions may be applied to a particular patient..

At the end of the program, I participated in the summer poster symposium at the University of California in Santa Cruz. This summer I had a very wonderful and unique experience and made friends not only with my comrades in the BD2K program, but also with my mentors. I learned what life as a grad student is all about. I also learned of all the great opportunities that research and graduate education provides. I recommend that every student should go through this experience at this or any internship at least once in their undergraduate career.

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Ilian Torres with some big data at the UC Santa Cruz Genomics Institute.