Anuncio de Curso de “Big Data” (MATE 4995, Sección 012)

Universidad de Puerto Rico

Recinto de Rio Piedras

Semestre: primer semestre 2018-2019

Codificación: MATE 4995 Sección 012

Título del curso- Análisis de datos masivos en aplicaciones biomédicas I (BBD1)

Profesora-  Dra.  Maria E. Perez

Requisitos-  MATE 3026 o equivalente y CCOM 3030 o permiso de la profesora.

Este curso busca preparar al estudiante para dos objetivos fundamentales:

  1. Poder trabajar con grandes cantidades de datos.  Algo esencial en futuros aspectos de todo tipo de investigación.
  2. Poder participar en el proyecto de IDI-BD2K el próximo verano con experiencias de investigación en los Centro de Excelencia de BD2K en las universidades de Harvard, Pittsburgh y la Univ. de California, Santa Cruz.

Estudiantes de cualquier bachillerato de Ciencias Naturales pueden matricularse.

Mas información sobre el proyecto IDI-BD2K

Hoy como nunca antes la investigación  biomédica está generando cantidades masivas de datos, cuyo análisis e interpretación tiene el potencial de producir dramáticos avances en nuestro conocimiento sobre la salud humana y sobre nuestra calidad de vida. El análisis de estos conjuntos masivos de datos (“Big Data”) requiere técnicas que combinan conocimientos en Biología, Química, Estadística, Ciencias  de Cómputo y otras áreas.

El proyecto IDI-BD2K estará ofreciendo el curso MATE 4995 Sección 23 – Análisis de datos masivos en aplicaciones biomédicas I (BBD1) en otoño 2017. En este curso podrás aprender cómo encontrar grupos de genes sobreexpresados en una condición, como el cáncer. Puedes aprender a crear e interpretar modelos lineales que describen la respuesta a un tratamiento. Verán cómo manejar conjuntos masivos de datos genómicos y analizarlos.

Estudiantes que completen este curso y su continuación BBD2 calificarán para ir a un internado en alguno de los Centros de Excelencia de BD2K como Harvard, University of California Santa Cruz, y Pittsburgh.

Para información adicional puedes comunicarte con la Dra. Perez:  maria.perez34@upr.edu

Si aun no estas preparado para tomar BBD1 y 2, asegurate que estas tomando los cursos sugeridos por los Centros de Excelencia BD2K para tu concentración consultando la tabla a continuación:

A Multiplexed Strategy for Regulatory Genome Analysis

The IDI-BD2K project is pleased to announce two events with Dr. Andy Cameron, Caltech.

A seminar Tuesday February 20, 2018 at 12:00 PM in JGD-123, Julio Garcia Diaz Building, Rio Piedras Campus, University of Puerto Rico.

A conversation with students Wednesday February 21, 2018 at 11:30 AM Room A-231, College of Natural Sciences, Rio Piedras Campus, University of Puerto Rico.

Diversity in Data and Computer Science

Diversity flyerA conversation with David Boone, PhD, Assistant Professor of the University of Pittsburgh where he will introduce STUDENT AND FACULTY INTERNSHIPS in the Department of Biomedical Informatics at his university through the Increasing Diversity in Interdisciplinary Biomedical Big Data to Knowledge (IDI-BD2K) Program of the UPRRP. A brief overview of the IDI-BD2K DATA SCIENCE PROGRAM will be given. Finally, he will engage in fish bowl conversation with Dr. Patricia Ordóñez, Associate Professor of the Department of Computer Science, and the audience to talk about his career path and DIVERSITY IN DATA AND COMPUTER SCIENCE. Topics will include the Imposter Syndrome, Unconscious bias, and Stereotype Threat.

Fellowship opportunity for recent graduates

The Opportunity:

The National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) is offering an exciting fellowship opportunity in data science for recent undergraduate or graduate students (Bachelor’s, Master’s, or Doctorate) who are interested in acquiring a unique training experience involving rotations throughout the Institute to either intramural or extramural programs engaged in data-intensive science.  The rotations will provide a broad overview of the data-intensive science that NIAID supports and train fellows through hands-on experience in how to apply and manage big data, bioinformatic strategies, computational platforms and tool development towards the study of infectious, immunological, and allergic diseases.  The application deadline is October 2nd.

If you know of anyone who may be interested, please feel free to share this opportunity with them.

Please see the link below for additional information on how to apply:

https://www.zintellect.com/Posting/Details/3600

Jovaniel Rodríguez Maldonado: nuestros estudiantes en internados de verano 2017

Mi nombre es Jovaniel Rodríguez Maldonado, pertenezco al departamento de química de la Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras y comienzo mi 4to año este próximo semestre. Como parte del programa IDI-BD2K tuve la oportunidad de participar en el Summer Program in Biostatistics and Computational Biology en el Harvard T.H. Chan School of Public Health.

Durante 6 semanas trabaje junto al Dr. Corwin Zigler y el Dr. Chanmin Kim en trazar y predecir el movimiento de emisiones de sulfato (SO4) a partir del dióxido de azufre (SO2) que emiten las plantas de energía eléctrica en los Estados Unidos. La pregunta principal era saber que personas están respirando los contaminantes emitidos por cada planta. Para esto utilizamos datos que contenían información de todas las plantas ubicadas en los Estados Unidos, incluyendo los niveles de emisiones por día y sus coordenadas. De igual manera utilizamos datos que contenían información sobre detectores de particulado menores de 2.5 micrómetros (PM2.5) en todos los Estados Unidos incluyendo los niveles de particulado por día y sus coordenadas. Con esta información creamos un modelo de regresión lineal que tomaba en cuenta la mayoría de los factores que pueden causar variabilidad en las emisiones para encontrar una asociación entre las emisiones y los detectores. Finalmente creamos una aplicación en shiny utilizando el modelo y los datos espaciales que compara el modelo estadístico que creamos con el modelo HYSPLIT que es utilizado actualmente en este tipo de investigación. Este modelo toma factores como el viento e imágenes satelitales para crear sus predicciones mientras que el nuestro es estrictamente matemático. En adición a la investigación tuve la oportunidad de tomar clases de bioestadísticas y epidemiología a nivel graduado. Tuve la oportunidad de conocer a la facultad de la universidad y a muchísimas personas en áreas tanto académicas como en la industria. Una de las experiencias más emocionantes fue visitar el Broad Institute, que es un centro de investigación genómica aplicado a las ciencias biomédicas creado en conjunto entre MIT y Harvard.

Al final del internado tuvimos la oportunidad de presentar nuestros resultados en The Dana Farber Cancer Institute como parte del Pipelines into Biostatistics Symposium y discutirlos con personas expertas en el área. Estoy sumamente agradecido con el programa BD2K y con Harvard por darme esta oportunidad. Es una experiencia inolvidable, llena de retos y de crecimiento tanto personal como estudiantil y profesional. Se lo recomiendo a todo el que esté interesado, lo único que se necesita es ganas de aprender y estar abierto a nuevas áreas de estudio.

Jovaniel Rodríguez Maldonado, IDI-BD2K student at Harvard for a summer internship.

Alexandra Carruthers Ferrero: Nuestros estudiantes en internados de verano 2017

Hi! I am Alexandra Carruthers Ferrero. I am currently an undergraduate physics major at the University of Puerto Rico, Río Piedras Campus. This summer, I participated in Harvard T.H. Chan School of Public Health‘s Summer Program in Biostatistics and Computational Biology through IDI-BD2K (Increasing Diversity in Interdisciplinary Big Data to Knowledge). Thanks to this incredible opportunity, I was able to work on a public health research project under the mentorship of Dr. Cory Zigler and Dr. Chanmin Kim. The project focused on tracking air pollution from coal power plants throughout the United States. We worked with time-varying data to construct linear regression models and learn how the emissions of certain power plants spread and impact populations throughout the country. Traditionally, chemical and physical models are used to study the spread of air pollution. Therefore, another key point of our project was to compare the results of a purely data based statistical model with those of chemical and physical models. In addition to working on a research project, the program provided us with professional workshops and courses in biostatistics and epidemiology.

I cannot say enough how grateful I am to have had the opportunity to take classes and research in the school of public health this past summer. It provided an environment for not only professional but also personal growth. I wholeheartedly recommend others to participate!

Jovaniel, Alexandra, David and Dr. Chanmin Kim show us the Zigler Lab

Stephanie Colón Marrero: Nuestros estudiantes en internados de verano 2017

My name is Stephanie Colón Marrero and I am a Biology undergraduate student at University of Puerto Rico, Rio Piedras Campus (UPR-RP). This past summer I participated in the Internship in Biomedical Research, Informatics, and Computer Science (iBRIC) from the Department of Biomedical Informatics at the University of Pittsburgh. I had the opportunity to work alongside Dr. Qiming Jane Wang and Dr.
Sahdeo Prasad, from the Department of Pharmacology and Chemical Biology at the University of Pittsburgh School of Medicine, on a research project that aimed to exploit the therapeutic potential of combining protein kinase D inhibitors with chemotherapeutic agents for prostate cancer treatment. We first studied the potential of these drugs to inhibit cell proliferation and cell migration, fundamental biological processes implicated in cancer development and progression, by performing cell viability and wound-healing assays, respectively. Our findings contribute to a mouse prostate cancer metastasis model currently being developed in the Wang laboratory.

At the end of the program, I participated in the Summer Research Symposium at Duquesne University. I encourage every student interested in bioinformatics and biomedical research to take part in the research opportunity offered by the Increasing Diversity in Interdisciplinary Big Data to Knowledge (IDI-BD2K) program. Participating in research programs, like iBRIC, provides valuable tools that could improve significantly your personal and professional growth.

Stephanie Colon presenting at the Summer Research Symposium at
Duquesne University.